故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度（立木文彦 配音）。作为校长的儿子，碇真嗣（绪方惠美 配音）感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子 配音），分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽（林原惠美 配音）都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现在动画中。 动画以《新世界福音战士》中的角色为原型，一改原作沉重严肃的气氛，描述了轻松愉快的校园生活。制作方首次采用了3D的Q版造型，配以实景背景和2D拼接，造就了多元化的绘画风格。
上田祐司 桑岛法子 南央美 日高法子 三木真一郎 伊藤健太郎 高野直子 冈本麻弥 飞田展男 小杉十郎太 小野健一 横山智佐 菊池志穗 长泽美树 置鲇龙太郎 永岛由子 松井菜樱子 森川智之 大谷育江 大塚明夫 松本保典 一城美由希 矢岛晶子 本井英美 川上伦子 今井由香 安井邦彦 真殿光昭 饭塚昭三 干本雄之 小川真司 若本规夫 立木文彦 林原惠美 三石琴乃 山寺宏一 仲间由纪惠
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